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SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

全長轉錄組(三代)

産品簡介

完整的(de)轉錄本包括了(le/liǎo)從5’端到(dào)3’端polyA尾的(de)序列,長度集中分布在(zài)1-6kb。二代測序技術由于(yú)讀長較短,得到(dào)的(de)測序片段需要(yào / yāo)拼接,得到(dào)的(de)轉錄本可能會産生拼接錯誤和(hé / huò)較多的(de)嵌合體,從而(ér)不(bù)能得到(dào)完整的(de)轉錄本。第三代測序技術Pacbio利用單分子(zǐ)實時(shí)測序技術(SMRT),由于(yú)其超長的(de)讀長(平均15kb),無需拼接即可直接獲取完整的(de)全長轉錄本,因此可得到(dào)更高質量的(de)轉錄本,有利于(yú)mRNA結構的(de)研究,如可變剪切、融合基因、等位基因表達等。

研究内容

有參全長轉錄組分析内容

        

無參全長轉錄組分析内容

1) 數據質控、轉錄本分類;

2) 轉錄本聚類與校正;

3) 與參考基因組比對;

4) 進行可變剪切分析;

5) 新基因預測;

6) 融合基因分析;

7) 作爲(wéi / wèi)參考序列,定量分析;

8) 編碼蛋白框預測;

9) lncRNA預測。


1) 數據質控、轉錄本分類;

2) 轉錄本聚類與校正;

3) 七大(dà)轉錄本數據庫注釋;

4) 作爲(wéi / wèi)參考序列、定量分析;

5) lncRNA預測;

6) 編碼蛋白框預測。




結果展示

送樣建議

1) 樣品類型:組織樣或總RNA;
2) 樣品濃度:≥300ng/µg;
3) RNA總量:≥10µg;
4) RNA純度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260處有正常峰值;
5) RNA完整度:電泳檢測28s/18s≥1.5或RIN≥8,基線平整(軟體等無28S物種)。


010-80543251

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