産品簡介

微生物多樣性分析是(shì)直接從樣品中提取基因組DNA後進行測序分析。它是(shì)通過對樣本中微生物16S/18S/ITS高變區的(de)擴增産物進行高通量測序，分析該樣品中微生物群落的(de)多樣性和(hé / huò)分布規律。

微生物多樣性主要(yào / yāo)的(de)研究對象爲(wéi / wèi)：細菌（16S）、真菌(18S/ITS)、古細菌(16S)。由于(yú)目前高通量測序技術受其測序讀長的(de)限制，所以(yǐ)往往需要(yào / yāo)針對測序對象的(de)部分區段進行測序分析，因而(ér)又稱爲(wéi / wèi)擴增子(zǐ)測序。特别在(zài)研究共生菌時(shí)，一(yī / yì ／yí)般會有來(lái)自宿主的(de)污染，建議單個(gè)樣本的(de)測序數據量從傳統的(de)3-5萬tags提高到(dào)8-10萬tags。

研究内容

1) 序列優化及質控
2) 測序數據介紹
3) 數據過濾及質量評估
4) 各樣本ASV數量展示
5) ASV韋恩圖分析
6) 物種分類與相對豐度統計
7) 物種豐度聚類熱圖
8) 分類學樹狀圖
9) KRONA物種注釋
10) Ternary 三元相圖
11) 樣本與物種豐度circos圖
12) Metastat分析
13) LEfse分析
14) 物種豐度STAMP(Welch’s t-test)分析
15) Alpha多樣性指數統計
16)  樣本豐富度稀釋曲線
17) 香農指數曲線(Shannon index curve)
18) 物種累積曲線
19) 等級豐度曲線(Rank Abundance Curve)
20) Alpha多樣性指數組間差異分析
21) Beta多樣性分析
22) PCA分析
23) PCoA分析
24) UPGMA聚類樹分析
25) 樣本距離矩陣熱圖展示
26) 限制性主坐标軸分析(db-RDA)
27) 組間群落結構差異顯著性檢驗

28) Adonis多元方差分析和(hé / huò)置換檢驗

29) ANOSIM相似度分析

30) MRPP分析

31) Beta多樣性相似性組間差異分析

32) 功能基因預測分析

33) PICRUSt2功能預測

34) 功能注釋PCA分析

35) pathway代謝通路差異分析(STAMP)

36) FAPROTAX功能預測

37) 物種相關性網絡圖

38) 随機森林分析

39) 随機森林無監督分類分析

40) 交叉驗證選擇最佳數量物種

41)  随機森林分類預測

42) 微生物群落與環境因子(zǐ)相關性分析

43) 環境因子(zǐ)之(zhī)間自相關性分析

44) Mantel test分析

45) RDA/CCA分析

46) db-RDA環境因子(zǐ)分析

結果展示

送樣建議：

1、一(yī / yì ／yí)般以(yǐ)土壤、水體、腸道(dào)、根際等微生物爲(wéi / wèi)研究對象；

2、樣品選取需要(yào / yāo)以(yǐ)時(shí)間、地(dì / de)域、深度、部位等爲(wéi / wèi)參考，建議每個(gè)樣品設置3個(gè)以(yǐ)上(shàng)生物學重複；

3、DNA要(yào / yāo)求：總量≥150ng，濃度≥50ng/µl，OD260/280：1.8-2.0，電泳要(yào / yāo)求：主帶清晰，無降解或輕度降解；

4、組織樣要(yào / yāo)求：土壤、根系等固體樣本約1-3g；菌液樣本需離心取沉澱物，不(bù)少于(yú)50mg；